Применение электронно-ядерной теории строения атома и химической связи в органической химии явилось важнейшим этапом развития теории строения органических соединений. Свойства химических соединений зависят от природы и строения атомов, входящих в их состав.
Схема строения атома

Свободный атом электронейтрален: число отрицательно заряженных электронов e^– равно числу положительно заряженных протонов p⁺.
Число протонов (заряд ядра) в атоме химического элемента равно номеру этого элемента в таблице Д.И. Менделеева.

На характер химической связи и поведение вещества в химических реакциях влияет прежде всего строение электронной оболочки атомов. Поэтому при изучении органических соединений основное внимание уделяется свойствам электронов, участвующих в образовании и разрыве межатомных связей – внешних (валентных) электронов, а среди атомов наибольший интерес представляют атомы элементов-органогенов (C, H, O, N, S, P, галогены).

Понятие о химическом строении как последовательности связей между атомами (А.М. Бутлеров) электронная теория дополнила представлениями об электронном и пространственном строении молекул и его влиянии на свойства органических соединений. Именно эти представления дают возможность понять способы передачи взаимного влияния атомов в молекулах (электронные и пространственные эффекты) и поведение молекул в химических реакциях.

Согласно современным представлениям свойства органических соединений определяются:

• природой и электронным строением атомов;
• типом электронных оболочек атомов и характером их взаимодействия;
• строением и свойствами межатомных химических связей в молекулах;
• химическим, электронным и пространственным строением молекул.