Шотландский химик. Родился в Керкинтиллохе (Шотландия). Учился в университетах Глазго и Эдинбурга (1852-1854), затем Берлина (1854-1855). В 1856-1857 работал у Ш.А. Вюрца в Высшей медицинской школе в Париже, c 1858 - в Эдинбургском университете, но в связи с нервным заболеванием вскоре оставил научную деятельность.

Основные исследования посвящены теоретическим проблемам химии.

• Почти одновременно с работами Ф.А. Кекуле по теории атомности опубликовал (1858) статью "О новой химической теории", в которой изложил методологические принципы построения теории атомности и подверг критике господствующую в то время теорию типов Ш.Ф. Жерара.

• Выдвинул свои положения о конституции химических соединений:
  

  - фактором, определяющим образование соединений, является химическое сродство элементов;
  - сродство выступает и как качественное свойство элемента (избирательность по отношению к другим элементам), и как количественное (степень сродства);
  - высшая степень сродства углерода равна 4, поэтому он способен присоединять эквивалентные количества водорода, хлора и т.д.;
  - углерод способен соединяться с самим собою и образовывать углерод-углеродные связи.

Теория Купера явилась одной из ближайших предшественниц теории химического строения А.М. Бутлерова.