Явление изомерии было открыто в 1824 г. независимо друг от друга Юстусом Либихом и Фридрихом Вёлером. Проводя исследования, они обнаружили, что существуют два вещества одинакового состава, но с разными свойствами:
Термин изомер (от греч. изос "равный" и мерос "мера", "часть") был предложен позднее, в 1830 г., Якобом Берцелиусом.