Рабочий экран содержит два основных окна и имеет следующую структуру:

В левом окне размещено оглавление, в правом – гипертекстовое содержание выбранного пункта оглавления (гиперссылки выделены зелёным цветом). Относительные размеры этих окон могут изменяться путем перемещения границы между ними с помощью манипулятора мыши.
Для перемещения по оглавлению используются мышь или клавиши-стрелки; развернуть раздел оглавления на подразделы можно двойным щелчком мыши или клавишей стрелка-вправо, свернуть – стрелка-влево. Частично скрытые наименования пунктов оглавления выводятся полностью всплывающей строкой при подведении курсора мыши.
Для управления основным или вспомогательными окнами служат системные кнопки: (свернуть, раскрыть на весь экран, закрыть).
Программа HyperMedia имеет многодокументный интерфейс, что позволяет одновременно работать с 2-мя (и более) частями учебного курса, для каждой из которых создается собственное окно.
Переход от одной части курса к другой происходит по щелчку мыши на выбранной вкладке (в верхней части экрана, под панелью инструментов) или с помощью клавиш Ctrl-Tab. Закрыть окно отдельной части курса можно нажатием клавиш Ctrl-F4.